таким образом я точно буду знать что движение совершилось и на сколько шагов
У вас компьютер и без того уже не поспевает шаговые импульсы формировать (согласно вашим же утверждениям). А вы собрались ему вычислительную нагрузку удвоить, озадачив его еще и подсчетом импульсов с этих самодельных энкодеров. После этого уже не смешные 4, а в лучшем случае 2 мм/с получится. И даже при этой скорости я сомневаюсь, что перегруженный вычислениями процессор успеет следить за импульсами с энкодера, не пропустив ни одного (ведь аппаратная реализация декодирования квадратурного сигнала и реверсивного счетчика у вас явно не предусмотрена).
В общем, вместо простого и очевидного решения (нормальное управление двигателями, обеспечивающее достаточный запас мощности, чтобы быстро разгоняться, столь же быстро тормозить и не пропускать шаги) начинается фееричная глупость: для контроля за одной глючной системой навешивается еще одна глючная система.
Единственное, что я сейчас, на ночь глядя не могу сообразить: удваивается вероятность возникновения ошибки в таком "комплексе", или возрастает в квадратичной зависимости... Но в любом случае, мало не покажется.
конструктивно - полное дерьмо
Не может быть. Там же в описании сказано:
"Схема очень простая и не дорогая. Это очень хорошая схема, т.к. промышленный контроллер стоит очень дорого."
Серьезный аргумент... 
Повеселило это одевание штанов через голову!!!
Вадим, не будем мешать человеку и здесь изобрести велосипед. Месяц-другой экспериментов и, может быть, он осчастливит человечество повторным изобретением давным-давно известного квадратурного инкрементального энкодера...