А вот по поводу что уп не идет в обработку из режима jog это критично?
Это глючно. А критично или нет - целиком и полностью вам решать, может вас "и так устраивает". Меня бы не устроило - если такой фееричный глюк уже сейчас вылез, то как знать, что еще в процессе работы внезапно повылазит...
Может быть если я в арткаме задаю точность обработки уп 0,01 при сохранений влиять на это?
"Точность обработки" в Арткаме - это допустимый предел отклонения реальной траектории движения фрезы от "идеального" контура. С закладкой "Manual", которая служит только для перемещений фрезы вручную "влево, вправо и во все другие стороны", никакой связи у этого параметра нет и быть не может.