Вы, сударь, случайно не собрались ли медную фольгу лазером резать?
Ждет вас на этом пути немало печальных откровений и горьких разочарований... 
поставить вместо 12-й шпильки 6-ю
... которая при быстром вращении будет еще сильнее прогибаться и болтаться, как детская скакалка...
Бороться можно по двум направлениям:
1) Ставить еще более толстую (более жесткую на прогиб) шпильку. После чего, возможно, вы затоскуете о нехватке крутящего момента на движках.
2) Закрепить оба конца шпильки в радиально-упорных подшипниках и задать ей серьезный преднатяг (с усилием в сотню-другую килограмм). Предполагает наличие мощной станины, которая выдержит данное усилие без существенных деформаций.
Либо, как 3D-Big намекнул, сделать винт неподвижным и использовать вращающуюся ходовую гайку. Но это наиболее сложное (хотя и радикальное) решение. Вдобавок, в маленьких настольных станочках вращающаяся гайка в габариты конструктива никак не вписывается.
Что касается резонансов и пропуска шагов - там тоже все очевидно. Экспериментально изменять характеристики подвижной системы, чтобы понизить ее "добротность" и вывести резонансную частоту за пределы рабочего диапазона. Эластичные муфты и массивные маховички на осях вам в помощь, поскольку микрошаг вы идейно отрицаете.
Ну и, наконец, способ, не требующий затрат труда и денег. Даже в режиме G00 ползать медленно и печально, оставив мечты об увеличении скорости перемещения.
поставить вместо шаговика двигатель постоянного тока и обратную связь
Если вы наивно надеетесь при полном отсутствии знаний разработать и построить сервосистему - имейте в виду, нет ни малейшего шанса, что вам это удастся... Попробуйте сперва работоспособную программу PID-регулятора самостоятельно написать, чтобы понять причину "несбычи мечт". Без определенных знаний в этой области вы даже готовый промышленный комплект из сервомотора и контроллера не настроите до рабочего состояния.