Очень похоже на проблемы помех в блоке управления.
У нас почти такой же станок, только чуть поменьше (460х800). Уже почти год, сейчас детские болезни почти прошли, работает вовсю.
Были подобные проблемы в первые дни. Например, гоняю туда-сюда от кнопок, все ок, а потом делаю отгон в 0 - сбивается. Потом понял разницу - от кнопок обычно только одна ось работает, а в автомате могут и все три одновременно. Иногда движение сопровождалось странными звуками типа скрежета. С механикой все ок, проблема в помехах.
Еще была отмечена крайне нестабильная работа при напряжении в сети ниже 210 В.
Детальное исследование показало страшную "грязь" и просадки в цепи питания +5В. А после полной разборки блока найден и виновник - большой электролитический конденсатор хоть и присутствовал, но был припаян к другой цепи.
Следующей операцией был вынос из блока всего, что связано со шпинделем, оставлено только реле, а все силовые цепи собраны отдельно, с еще одним реле (чтобы разгрузить то, что внутри блока). Впоследствии был куплен полноценный шпиндель, и с того же реле был заведен сигнал управления. Шпиндель должен включаться в сеть отдельной вилкой за пределами фильтра.
Заземление необходимо. К сожалению, в данном блоке заземлять практически нечего, так что пока ограничились соединением корпусов станка и компьютера. К сожалению, полноценного заземления у нас пока нет, надо делать.
В результате уровень помех заметно снизился, хотя все равно есть. Реально после часа работы оси могут уплыть на пол-миллиметра или даже больше.
Очень хочу оптическую развязку порта, но пока руки не дошли.