Если только перекоммутирование двух проводов к моторчику не связано с большой сложностью/трудоемкостью работ (полностью разбирать и перепаивать блок управления) - "самое то". Всегда предпочитаю внести изменения в железку, позволяющие в дальнейшем запускать управляющий софт с минимумом предварительных настроек (мало ли, приспичит Windows и Mach переустановить - опять улетишь в обратную сторону до упора и будешь вспоминать, где направление оси настраивается).
Тем более, что если две из трех осей едут "куда надо", а одна "против шерсти" - это может быть отнюдь не гениальным замыслом конструктора станка, а тупой ошибкой китайского сборщика-монтажника, которую не грех исправить.
Но не настаиваю, "каждому свое"... Оба варианта предложены, выбирать вам.