Заеданий нет, стол перемещается равномерно. Любопытно то, что так получается именно верхняя часть плат. Вся остальная площадь отлично получается.
В любом случае, смотрите механику станка. Если искажения геометрии происходят только при определенном положении стола, и при этом нет признаков пропуска шагов, то электроника здесь явно ни при чем.