Пропуск шагов, очевидно (шаговый двигатель вместо очередного шага остается на месте, и реальное перемещение получается меньше, чем "программное"). Пробуйте все, что в таком случае обычно делается - уменьшайте скорость перемещений (в первую очередь холостых ходов по G0), посмотрите, не перегревается ли драйвер по пропускающему шаги каналу, и т.д. и т.п.
Уменьшается скорость в Steps per? но тогда вроде как масштаб проекта на выходе уменьшается? У меня при уменьшении Steps per платка при резке оказалась до тошноты микроскопической. А может я что-то еще клацнул не так. Блок контроллера я ощупывал на предмет температуры, он слегка теплый, даже очень слегка.
Ну я бы начал "от печки"
- материнка показывает в драйвер тесте ровную линию, или там гармошка? пригодна ли материнка вообще для Mach3?
- Драйвера ли правильно согласованы, опторазвязка правильная?
- Мощность драйверов и моторов соотвествуют требуемым усилиям конструкции?
- Ускорения и скорости в программе приведены в соответствие с требуемыми услиями.
В драйвер-тесте была и ровненькая линия, и гармошки различные.
Про согласование драиверов - темный лес... Я же новичок абсолютный 
Мощность драйверов и моторов определена на заводе, думаю, что крутитьсямоторы должны нормально. К тому же видел запоротые примеры работ именно этого станка. В большом ящике от хозяина много барахла перешло, и примеры работ среди всего этого. Вполне приличные изделия, Работал хозяин по металлу.
Kibertron69, для интересу, попробуйте инвертировать сигналы Step, поставьте галки на Step low active для всех осей, это в настройках Ports&Pins. По ссылке, что вы давали и по которой настраивали, там сейчас крестики стоят, для ихнего случая.
Другой вариант - проверить с активированным режимом Sherline 1/2 (нужен перезапуск Mach), это в тех же настройках, в окне, где частота ядра задаётся.
Я и сигналы инвертировал, разницу не уловил, не считая того, что каретки(правильно называю?) с клавиатуры едут в противоположную сторону.
Попробую завтра с режимом Sherline 1/2.