Да с ней все в порядке!
Немного не понял как выставить в ручную координаты на станке?
В ручном он двигается и при старте он возвращается на ноль.
Что касаемо настроек скрин настроек
Где и какие настройки менять?
Хорошо, проверьте нулевая точка у Вас до начала реза по программе и после окончания реза по программе совпадает? То есть до начала реза по программе нажимаете кнопку "Pulse", "Test", "Laser" или как она у Вас называется. И после выполнения программы опять нажимаете эту кнопку. Точки должны совпадать.
Скрин экрана Вы привели тот, что отвечает за движение. Настройки лазера, скорее всего, на вкладке Other options.