А в каких случаях (режимах, командах) происходит процесс реферирования?
Только по вашей воле. Когда текущие координаты станка неизвестны/недостоверны, и вы отправляете его "искать дом", выбрав соответствующий пункт в меню. В NCstudio 8.x и выше есть параметр, принудительно заставляющий выполнять "поиск дома" при каждом включении станка, в 5.х его нет.
Впрочем, риск потери координат есть при любых обстоятельствах срабатывания E-Stop. Просто потому, что при аварийной остановке происходит "ударное" торможение станка, а не плавное снижение скорости до полного останова, гарантирующее точность позиционирования.