Я правильно понимаю, что две стороны (где змейкой проходит) получаются с уклоном, а две другие без уклона?
Это особенность Обработки рельефа. Избавиться от этого можно уменьшив Шаг у инструмента (над Глубина за проход). Я сделал 0,5 (у вас 4,2) и стало похоже на правду. По ощущениям от этого сильно вырастает программа и время обработки, но надо пробовать.
Идеальным решением я вижу написание кода вручную. По сути надо всего-то проехать 43 квадрата, это меньше чем 200 строк кода.
Если у вас часто меняются параметры пирамид, то можно накидать генератор кода в экселе через макрос.
При таком подходе не будет дрочева со змейкой, а значит скорость вырастет раз в 10 и можно брать по 1 мм без потери времени, а это плюс к гладкости.